Pratiques et enjeux scientifiques à PACEA

(Groupe d’Archéologie Computationnelle — Réunion de lancement)

Frédéric Santos

Lundi 29 novembre 2021

1. Situation générale

  • Plusieurs membres de PACEA concrètement investis dans la thématique de la science ouverte.
  • Plus d’utilisateurs de R que par le passé (et plus globalement, plus de “culture de la programmation”).

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2. Formation

2.1. Formation initiale

  • Dans le cadre du Master 1 Biogéosciences : 6 heures de cours/TP d’introduction à R et à la statistique.
  • Un site web compagnon pour le cours (créé en Rmarkdown).
  • Pas d’évaluation.

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2.2. Formation continue (“officielle”)

Animation de formations (CNRS) auxquelles ont pris part certains membres de PACEA :

  • initiation à R ;
  • bonnes pratiques en science des données pour la recherche reproductible.

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2.3. Ateliers internes PACEA “Recherche reproductible”

Organisation ponctuelle d’ateliers “Recherche reproductible” (environ 15 participants) :

  • programmation lettrée ;
  • rédaction d’articles reproductibles.

Dépôt GitLab dispo en ligne

atelier_RR.png

3. Exemples d’articles reproductibles

  • “Reproductibilité faible” (partage du code et des données) : une pratique qui devient plus répandue.
  • “Reproductibilité forte” (capture intégrale de l’environnement logiciel) : pratique encore exceptionnelle.
  • Rédaction de manuscrits à 100% en Org mode ou Rmarkdown : quelques exemples encore marginaux.

3.1. Rey et al. (2021)

Cas assez répandu à PACEA : étude ouverte et transparente.

  • Données en accès public
  • Code source disponible sous forme de notebook (pdf) en Supporting information online.

Référence complète :

L. Rey, S. Rottier, F. Santos, & G. Goude (2021). Sex and age-related social organization in the Neolithic: a promising survey from the Paris Basin. Journal of Archaeological Science: Reports, 38, 103092. http://dx.doi.org/10.1016/j.jasrep.2021.103092

3.2. Queffelec et al. (2021)

Cas nettement plus rare : data paper rédigé à 100% en Rmarkdown, et publié dans une revue à accès ouvert.

Fichier source (.Rmd) du manuscrit disponible sur OSF.

Référence complète :

A. Queffelec, P. Fouéré, & J. Caverne (2021). A database of lapidary artifacts in the Caribbean for the Ceramic Age. Peer Community In Archaeology. http://dx.doi.org/10.31235/osf.io/7dq3b

3.3. Santos (2020)

Cas a priori (?) unique :

  • Note technique rédigée à 100% en Org mode
  • Code ouvert
  • Réutilisation de données libres
  • Image Docker avec capture de l’environnement (R + Emacs + LaTeX) pour recompiler le manuscrit
  • Dépôt GitLab associé

Référence complète :

F. Santos (2020). Modern methods for old data: an overview of some robust methods for outliers detection with applications in osteology. Journal of Archaeological Science: Reports, 32, 102423. http://dx.doi.org/10.1016/j.jasrep.2020.102423

Créé par Frédéric Santos